系统生物学（Systems Biology）是后基因组时代新兴的一门交叉学科。系统生物学的核心任务是，整合经典的分子生物学、细胞生物学和组学等不同研究策略和技术，围绕着生物复杂系统的生理和病理活动的分子机制进行研究。系统生物学正式诞生于2000年。经过10年的发展，系统生物学已成为国际生命科学研究的一个主流学科。我国科技界也逐渐认识到了该学科的重要性，在2011年发布的《国家自然科学基金“十二五”发展规划》的“学科发展战略”中，系统生物学被生命科学部列为需要关注的新的学科生长点；在“跨科学部优先发展领域”中也列入了系统生物学。我国现有一大批从事分子系统生物学的科研人员，其中有国内著名院士、专家和学术带头人，在国内外具有较高的影响力。
中国生物化学与分子生物学会集合了在分子层次上进行以各种生物分子研究为主要研究对象的我国著名科学家和研究人员，并在其下属的12个专业委员会中，已经设立了RNA专业委员会、蛋白质专业委员会等各种针对某一类特定生物分子开展研究的10个专业委员会。中国生物化学与分子生物学会认为，分子系统生物学专业委员会，能够将研究不同种类生物分子的科学家组织在一起，开展分子层面上的系统生物学研究。2011年10月28日，该专业委员会的成立方案在山东济南中国生物化学与分子生物学学会第十届常务理事会上得到一致通过，并得到拟挂靠单位中科院上海生命科学研究院的支持。2012年7月，中国科学技术协会批准了中国生物化学与分子生物学会关于成立“分子系统生物学专业委员会”的申请。2012年8月，在成都召开中国生物化学与分子生物学会理事会批准了该专业委员会的顾问委员会、主任和副主任委员的任命。
分子系统生物学专业委员会将围绕着系统生物学的核心科学问题——在分子层面上的不同种类生物分子之间是如何形成复杂的相互作用网络——开展研究；不仅从实验上重视开展不同种类生物分子的整合型研究，而且还将着重发展能够把基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等不同组学的数据整合的新方法和新技术，以及在不同种类生物分子信息整合基础上的生物分子相互作用网络的数学建模理论与方法。这个专业委员会将能够实质性地推动我国系统生物学在分子层面上的多种生物分子之间相互作用网络的研究工作。
